Unas quince reservas naturales de montaña y muchas más si se tiene en cuenta el Prepirineo, trabajan en pos de la protección de la naturaleza, de la fauna, la flora, del patrimonio geológico y paleontológico y, más ampliamente, de la preservación de la biodiversidad. Se trata de espacios protegidos que permiten descubrir, proteger, administrar y, sobre todo, transmitir el patrimonio natural.
Hay nueve reservas naturales en Cataluña, entre las que se encuentra la reserva marítima de Cerbères-Banyuls (1974), primera de este tipo en Francia y dos en los Pirineos Atlánticos, incluyendo la famosa reserva de Ossau, con su barranco de los buitres que, desde 1974, se centra en la preservación del buitre leonado en los Pirineos y ofrece al público un lugar excepcional para la observación.
 
Las 2313 hectáreas de Néouvielle, en el valle de Aure, están clasificadas como reserva nacional, extendiéndose entre 1800 y 3091 metros de altura. Esta pertenece al Parque Nacional de los Pirineos y porta, como símbolo, el pino negro, un árbol que crece hasta a 2600 m de altura. ¡Todo un récord europeo!
 
Otras dos reservas, la de Pibeste y la de Aulon, se encuentran en el departamento de Altos Pirineos. En Ariège, la reserva nacional de Orlu, creada en 1947, goza de un estatus un poco particular, ya que está gestionada por la Oficina Nacional de la Caza y de la Fauna Salvaje. En sus 4248 hectáreas se garantiza la conservación de la fauna local: rebecos, marmotas, lagopus, urogallos...

En Aude, tras el arcaico nombre de "Reserva TM 71" se esconde una reserva completamente inusual: una gruta del país de Sault que encierra una cristalización excepcional de aragonita azul y de cirios prismáticos blancos. Evidentemente, por motivos de preservación no se encuentra abierta al público.


Asimismo, dos parques naturales regionales, el de los Pirineos catalanes y el de los Pirineos Ariegenses, inaugurado en 2009, aportan su granito de arena en la conservación de la naturaleza pirenaica, manteniendo como objetivo convertirla en vector del desarrollo económico.